MA Qomarul Hidayah berakar dari Pondok Pesantren (PP) Qomarul Hidayah di Desa Gondang, Tugu, Trenggalek, yang didirikan oleh keturunan pengikut Pangeran Diponegoro, berkembang dari masjid yang dibangun oleh Nur Qoiman, lalu dikelola oleh Kiai Murdiyah, hingga membuka pendidikan formal MA pada tahun 1984 sebagai upaya menampung alumni pesantren yang tidak tertampung di perguruan tinggi, dengan gagasan utama dari KH. Kholil Madjid, pimpinan pesantren saat itu. 
Asal-usul Pondok Pesantren
Awal Mula: Berawal dari masjid yang didirikan oleh pengikut Pangeran Diponegoro, yaitu Nur Qoiman, Nuriman, dan Ya’qub, di Desa Gondang, Tugu, Trenggalek.
Perkembangan: Pengelolaan masjid dilanjutkan oleh Kiai Murdiyah (KH Muhammad Asrori), putra Nur Qoiman, yang membawa masjid menjadi pesantren dengan sistem pendidikan tradisional (kitab kuning, sorogan) dan Thariqat Naqsyabandiyah. 

Pendirian Madrasah Aliyah (MA)
Gagasan: Melihat banyaknya alumni MA di Trenggalek yang kesulitan melanjutkan ke perguruan tinggi karena faktor ekonomi, KH. Kholil Madjid (pimpinan PP Qomarul Hidayah) mencetuskan ide mendirikan perguruan tinggi.
Peresmian MA: Gagasan ini kemudian diwujudkan dengan membuka pendidikan formal, yaitu Madrasah Aliyah (MA) pada tahun 1984.
Tujuan: MA Qomarul Hidayah didirikan untuk menampung para alumni pesantren dan memberikan pendidikan formal yang lebih baik, didukung oleh kesepakatan tokoh agama dan sarjana muslim setempat serta ketersediaan lokasi dan sumber daya. 
Awal Mula Pondok Pesantren Qomarul Hidayah
Didirikan pada tahun 1985 oleh pemerintah sebagai Pusat Informasi Pondok Pesantren di Trenggalek, menunjukkan pengakuan atas manfaat dan keberadaannya.
Pondok ini memiliki akar sejarah yang panjang sejak era perjuangan Pangeran Diponegoro, dengan pengikut yang menyebar dan mendirikan masjid-masjid di berbagai wilayah, termasuk di Tugu, Trenggalek.